在利用聚英智能温室大棚系统种植芸豆时，除了水肥、光照的调控管理外，还需要防病防虫。
大棚芸豆与露地芸豆种植环境条件不同，由于棚内气温较高表现生长速度快，容易出现株型徒长结荚少的现象。为了提高大棚芸豆的产量，采取掐尖的办法，可以调节芸豆上下枝蔓的合理布局。
据观察，大棚芸豆从第三组叶片形成后，节间明显拉长，蔓子生长速度加快，根据这一点确定适时掐尖的时机。从第三组叶片现形后开始掐尖，可以控制主蔓的徒长，促进下部侧枝的萌发。相反，如果掐尖节位过高，主蔓生长旺盛得不到控制，侧枝萌发也很缓慢，侧枝出现后不必掐尖。但到了顶部距棚面20厘米高度时要及时掐尖，防止上部枝叶繁茂影响光照。
落花落荚是大棚芸豆种植中的一大难题，综合分析有两个方面的因素。
1是营养因素，芸豆的花芽分化比较早，植株较早地进入营养生长和生殖生长并进阶段，所以开花初期常常因为营养生长和生殖生长之间竞争而落花落荚，有很多在我们还没有注意时就已经脱落了，尤其在盛花期更为普遍。
2是气候因素，多是因为气温偏高使花器发育不利，阻碍授粉受精。当棚内气温达到28℃时就开始落花，30℃以上落花会更加严重，因此在3-4月间要逐渐加大通风量。
另外，芸豆开花结荚期间也要保持棚内有相对的空气湿度，如果棚内高温干旱，花柱干燥对花粉管的延伸也有影响，棚内空气相对湿度应维持有70%左右为宜，创造一个适宜的环境条件，对于防止大棚芸豆落花落荚至关重要。
芸豆根腐病与其它蔬菜根腐病相同，属于土传病害。芸豆根腐病的发生有以下几个途径，一是同一品种连作造成病菌残留;二是机械损伤，主要指人为种植管理中如移菌造成的一部分根系断裂;三是苗期低温冻害，在苗子出土不久，突然土壤温度极端低下，使苗出现红根的症状，这些条件都可能造成根腐病菌侵染的机会。
防治方法：①实行2年轮作制度。②要在地温稳定在12℃时播种育苗。③药剂防治可用恶霉灵3000倍或黄腐酸盐1000倍浇灌根部，在三叶前和初花期各进行一次效果更好。
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