农业全产业链信息不对称，中小型生产经营主体融入难度大
农业全产业链的利益主体大致分为生产主体、技术服务主体、市场消费主体、监管服务主体，信息不对称现象普遍存在于各利益主体之间，成为抑制农业全产业链融合的核心难题。生产主体与技术服务主体之间的信息不对称，导致绿色优质生产技术需求与供给错位，因而农业生产技术到位率低，优质高效生产受到制约;生产主体与消费主体之间的信息不对称，导致农产品供给侧与需求侧失衡，市场上农产品价格失衡、农产品滞销及浪费等现象频发，导致生产主体的积极性严重受挫，而消费者差异化的消费诉求也无法得到保障。各类主体之间信息不对称，缺乏以品质为导向的农产品“生产–追溯–监管”体系，导致优质农产品辨识困难，优质优价体系难以形成，农业全产业链增值受限。流通主体缺乏对农产品的监管是导致信息不对称的关键原因。农业生产与农产品消费的时空失配以及信息获取方式的差异，致使信息反馈受限，通常需要第三方流通服务体系参与，而相关体系不够完备且公信度有待提高。
我国农业领域的龙头企业多倾向于通过企业并购、重组、内生等形式，开展全产业链战略布局以提高企业竞争力并降低市场经营风险，如中粮集团有限公司、福建圣农控股集团有限公司构建了覆盖农资、生产、流通、消费的全产业链。但从国家农业的整体发展格局来看，在未来很长时间内以中小规模农户为经营主体的基本态势不会出现明显改变。中小型经营主体面临着农产品品种多样、品质不一、标准化生产难度大等问题，加之以初级农产品直接销售为主，一般不参与深加工、流通等环节，导致商品被加工、流通企业一次性买断而无法享受后端利润，不易形成产业规模以高效参与市场竞争。这表明，我国农业生产的中小型经营主体未从实质上参与全产业链融合。此外，相关生产经营活动组织程度低，产业运营的资本、技术、人才、认知缺乏，使得中小型经营主体在农业全产业链中的参与度不高。
农业全产业链资源利用效率低，生产生态协同发展难度大
我国农业全产业链上下游匹配性不足、产业融合程度低，导致全产业链资源利用效率不高。耕地细碎化、养殖业规模化共同导致种养脱节，带来较为突出的农业生产排放超标、生态环境退化等问题。我国三大粮食作物主产区地块面积平均仅为1.8~2.85亩(1亩≈666.7 m2 )，而畜牧业养殖的规模化程度不断提升(生猪为 41%，奶牛为 52%，肉鸡、蛋鸡分别为 69%、63%);但同时从事养殖和种植的比例不足50%，畜禽粪污养分利用率不足60%(氮、磷、钾分别为32.9%、50%、53.7%)。此外，劳动力成本抬升进一步导致粮食作物有机肥使用率的降低，畜禽粪污消纳压力加大与耕地碳源投入不足等问题共存。、
农业全产业链融合程度低且衔接不畅，农产品损耗比例高且资源循环利用不足，导致全链条物流能量能源利用效率偏低而农产品环境代价较高，造成了较为突出的农业面源污染问题。例如，2014年我国食物系统中氮投入量高达 8.84×107 t，但仅有6.1×106 t进入居民食物消费;农业食物系统中的氮利用效率仅为7%，有64%的氮素排放到环境中。《第二次全国污染源普查公报》(2020年)指出，农业源化学需氧量排放主要源于畜禽养殖业(占比为93.8%)，农业源总氮、总磷排放主要源于种植业(占比分别为59.1%、38.2%)。目前，我国多数省份的地表水质量都超出了临界标准(1 mg-N/L)，水体氮排放量(1.45×105 t/a)是安全阈值的2.7倍;77%的湖泊处于富营养化状态，较20世纪80年代面积增长了近60倍，大气活性氮(如氨气、氮氧化物)排放量比20世纪80年代增加了2~3倍，大气氮沉降则增加60%以上。农业面源污染成为我国生态环境治理的重大难题，因而协同实现生产与生态、构建“山水林田湖草沙”生命共同体协调发展格局成为农业绿色转型的迫切需求。
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