水肥一体控制箱的应用就是为了满足农作物水肥充足且不浪费。因而，运用滴灌系统和低压管道系统将农作物成长所需要的水溶液逐渐均匀地滴进农作物的根区，运用高频滴灌设备将少许的肥水慢慢地施用到农作物的根茎，使农作物自始至终保持最佳的肥水条件下。防止其余灌水方式导致水的过分应用或营养不良。
因而，与常用沟灌相比较，滴灌在土壤温度、肥水分布范围、盐份运移等领域具有明显差距。浅水、施肥和膜间盐份积累增加了农作物根茎在近地表的分布范围和成长，抑制了农作物根茎的往下成长。根茎是农作物吸取营养和水分的最主要部位。根茎的特征构造影响了根茎的取水能力。
因而，根的确定是防止适量浇肥的第一步。确定根茎的最主要方式有两种：挖掘(挖掘剖面以观察土壤中的根茎)和直接观察：应用专业设备扫描根茎分布范围、营养的空间和范围以及与相邻根茎的资源竞争力。土壤含水量减少的最主要原因是农作物蒸腾和树间蒸发。农作物的蒸腾量很大。此时农作物根茎吸水，夜间土壤含水量迅速下降。水肥一体化，在满足作物水肥供应的同时，避免了水资源的浪费和化肥污染。土壤含水量变化与根茎成长的关系，即有吸水的地方就有根茎;因而，农作物根茎的成长可以通过不同深度的土壤含水量来判断。
在确定根茎分布范围深度后，控制灌溉深度是防止过分灌溉的第二步。相对含水量可以直接反映灌溉的初始含水量，通常用于判断是否需求灌溉和计算灌溉量。根据含水量确定灌溉量的方式最主要有两种：经验(根据农民自身的经验来判断土壤水分和作物是否需要施肥，然后进行人工施肥灌溉)和设备(根据根茎分布范围特征，将水份监测设备埋入土壤中控制灌溉设备的启动和结束)。
总之，滴灌和施肥只能用于灌溉和施肥根茎。因而，有必要了解农作物根茎分布范围的深度，然后根据根茎分布范围和湿润锋土壤的分布范围特征来控制单次灌溉量。
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