尽管利用聚英云农的菌菇养殖智能监控系统，可以实现对菌菇房的智能自控，对温度、湿度、光照都进行智能控制，但对于常见木耳病害，同样需要进行防治。
症状：菌袋、菌种瓶、段木接种孔周围及子实体受绿霉菌感染后，初期在培养料段木或子实体上长白色纤细的菌丝，几天之后，便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落变为绿色，粉状。
防治：
①保持耳场、耳房及其周围环境的清洁卫生。
②耳房、耳场必须通风良好，排水便利。
③出耳后每天喷1次1%石灰水，有良好的防霉作用。
④若绿霉菌发生在培养料的表面，尚未渗入料内时，用PH10的石灰水擦洗患处，可控制绿霉菌的生长。
症状：耳片成熟后，耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。
防治：
①针对烂耳的原因加强栽培管理，注意通风换气，光照等。
②及时采收，耳片接近成熟或已经成熟立即采收。
③可用25mg/kg的金霉素或土霉素溶液喷雾，防止流耳。
产生原因：有机木耳菌块霉菌污染是导致有机木耳菌块减产，影响产品质量的一个重要原因，青霉、木霉是木耳菌块上最常见的杂菌。
防霉措施：
①选用抗霉能力较强的菌株。
②选用新鲜原材料越夏。
③在培养料中增添抗霉剂，目前认为比较有效的方法是用有机肥。压块用具和薄膜都要用0.1高锰酸钾溶液消毒。压块后1周时间内，菌丝尚未完全恢复，若有霉菌出现，可用饱和石灰水清液涂抹患处。
④保护环境清洁出木耳期间，在采收第1批木耳后，每3―5天在地面喷1次1%石灰水，或1%―2%煤酚皂溶液，或0.1%多菌灵，可交叉使用，以控制杂菌生长。
⑤室内发菌，室外出耳，被认为是木耳菌块栽培的一项有效防霉措施。
⑥加强水分管理，要根据菌块水分散失情况和空气流量。
症状：有机木耳从幼虫开始危害有机木耳，侵入耳片后吮吸汁液，使耳片萎缩，严重时造成流耳。
防治：用500―1000倍40%乐果乳剂、1000―1500倍50%可湿性的敌百虫药液、1500倍马拉硫磷喷杀。
症状：成虫啮食耳片外层，幼虫危害耳片耳根，或钻入接种穴内至食耳芽，被害的耳根不再结耳。入库的干耳回潮后，仍可受到危害。
防治：清除栽培场所的枯枝落叶，施用有机肥。
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