食用菌由于种植条件的限制，对温湿度、光照、基质等都有严格要求，因此更合适在温室大棚中种植，把控菇房的环境条件，为食用菌创造一个利于生长的环境。
食用菌发生侵染的病虫种类多，危害重。据初步统计，侵染培养料、菌丝体和菇体的杂菌、病菌和害虫种类达100多种，各种病菌和害虫在不同的季节，以不同的方式与食用菌争夺营养，侵害菌丝和菇体。聚英云农归纳：食用菌的病虫害防治措施。
防治措施：
1.选用优良品种和优质菌种。选用适合当地栽培条件、抗病虫能力强的优良品种。
2.选用纯正、菌龄适宜、生命力旺盛的菌种，以保证接种后恢复快、吃料快，抗病虫能力增加。
3.选用优质原料。使用新鲜、干燥、无霉变、无虫蛀的原料，培养料的选择和配置，要充分考虑到栽培品种的生长发育需要，从而抑制杂菌，提高抗病能力。同时，要做好培养料的贮藏和保管，防止培养料受雨淋，导致发霉、变质。
4.搞好栽培场所的环境卫生，菇房要远离饲养场、垃圾堆、粪便池，而且要接近水源，通风向阳，门窗及通风口要安装防虫网。种菇前，菇房，也就是种植食用菌的温室大棚，内外要进行1次彻底的清理和消毒。生产中的废料应运到远离菇房的地方，进行。
5.严格执行操作规程。生产中，操作人员要严格按照栽培中的操作规程操作，尤其是接种过程，生产场所、接种工具、菌种和培养料包装物、接种人员都要认真消毒，保证在无菌条件下操作，并要求接种快速、高效。
6.创造最佳生长发育条件。在栽培管理中，应根据各品种对其生长发育条件的要求，对温度、湿度、光线、酸碱度、营养成分、通气条件进行科学管理，使整个环境条件适合该品种的生长发育，从而减少病虫和杂菌的滋生。
结合食用菌种植的各项环境调控，采用温室大棚智能控制系统，通过各类传感器实时远程监测食用菌生长环境的空气温湿度、土壤水分、土壤湿度、土壤肥力、土壤PH等数据，以农作物栽培工艺为指导，通过平台边缘计算实现自动灌溉，自动卷帘，自动喷淋，自动施肥，自动打药，始终保持在适宜生长环境下，平台自动进行数据存储分析，为食用菌栽培工艺改进提供数据服务,促进品质安全升级，助力菇农增收。
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